逐，1260年，埃及奴隶骑兵夺取该城，耶路撒冷的犹太人不得不逃到周围的村庄避难。1482年，一个来此访问的多明我会教士说耶路撒冷是一个“几个不同的民族生活在此的城市，它是所有罪恶的集合” 。作为罪恶他列举了撒拉逊人、希腊人、叙利亚人、东正教徒、景教徒、亚美尼亚人、格鲁吉亚人、玛洛尼教徒、贝督因人、刺客、回教徒和“最可憎的” 犹太人。只有罗马天主教徒“在他们心中盼望基督王子的到来，来将所有的国家纳入罗马教会的统治下。”
1517年，奥斯曼帝国占领耶路撒冷，他们控制该市，直到20世纪。这时，耶路撒冷重新开始繁荣，城墙和老城也被重建，城内任何宗教都可以存在，但奥斯曼帝国后来的无能统治机构使耶路撒冷的经济陷入了缓慢的衰退。
到19世纪初，耶路撒冷只有不足8000人口，但依然是一个对犹太教、基督教和伊斯兰教都很重要的城市。城市居民分四个部分：犹太人、基督徒、穆斯林和亚美尼亚人，穆斯林主要住在圣殿山附近，基督徒主要住在圣墓教堂附近，犹太人主要住在哭墙上方的山坡上，亚美尼亚人主要住在西南。
虽然这个分化并不绝对，但后来它是英国管理时期将城市分为四个区的基础。各大宗教内部又包括了许多教派，比如圣墓教堂同时归希腊东正教、罗马天主教、亚美尼亚教会、埃及教会和埃塞俄比亚教会使用，各教派之间互相冲突，以至于圣坛的钥匙要交给一个“中立的”穆斯林家庭保管。
由于耶路撒冷对于犹太人、穆斯林和基督徒均具有特殊的重要意义，其地位问题直到杜睿穿越大唐的时候仍然悬而未决。
公元前前10世纪，大卫王在耶路撒冷建都，所罗门在该城建造圣殿。被毁前的耶路撒冷圣殿内的至圣所藏有约柜，是犹太教最神圣的所在，只有大祭司一人才有资格一年一次进入至圣所。此后，耶路撒冷一直是犹太民族的精神中心，是犹太教信仰的中心和最神圣的城市，民族身份的象征，犹太人无论流散到何处，全体男丁必须一年三次来到耶路撒冷，过宗教节日，礼拜时总是面向耶路撒冷。在旧约圣经中，耶路撒冷被提到过700多次。长期以来，耶路撒冷对于犹太人的向心作用，和犹太人对这座城市的迷恋程度是如此之强，以至于无法想象一个没有耶路撒冷的以色列国。
基督教尊敬耶路撒冷，不仅是因为它在旧约中扮演的角色，也是因为它在耶稣一生中的意义。根据圣经记载，耶稣在出生后不久就被带到耶路撒冷,后来他又洁净第二圣殿。耶稣最后晚餐的地址位于锡安山，紧靠大卫墓。耶路撒冷另一个重要的基督教遗迹是各各他，就是耶稣被钉十字架的地方。《圣经》称，耶稣去耶路撒冷仅仅是遵照上帝的旨意，为救赎世人之罪而死。但他死后复活，40天后升入天堂，重又回到了上帝的身旁。耶路撒冷是耶稣一生中在最关键的时刻度过的地方。
对基督教来说，耶稣是上帝的儿子，是上帝赐予人类的救世主。耶稣被钉死的受难地，最后一次晚餐餐室、罗马皇帝君士