领导下， 耶路撒冷反抗巴比伦的占领， 公元前586年，尼布甲尼撒二世占领并摧毁这座城市，城墙被毁，圣殿被焚，圣殿中大批的金银器皿则被带到巴比伦。
公元前538年，波斯帝国居鲁士大帝灭亡巴比伦，允许犹太人回到犹太地重建耶路撒冷圣殿，圣殿重建工程在公元前516年，也就是第一圣殿被毁70年后完成。
接着，尼希米又重新修建耶路撒冷城墙，使城市又恢复了繁荣。此后600年间，犹太地先后是波斯、希腊和罗马的一个省份，耶路撒冷则是犹太省的首府。
在罗马统治的前期，曾委任代理王大希律王进行统治。大希律王在位时扩建了圣殿。公元6年，犹太地直接归属罗马统治。
公元70年，一次反抗罗马的起义失败后，罗马军队拆毁了圣殿。犹太人再次起义，最后在135年，罗马皇帝哈德良派兵包围并夺取了该市，作为惩罚措施，他下令在希伯来历埃波月九日，即耶路撒冷遭巴比伦和罗马军兵两次攻陷的周年记念日，将耶路撒冷彻底铲平，在原址新建罗马城市爱利亚加比多连，圣殿山上另建罗马神庙，同时将所有犹太人赶出巴勒斯坦，禁止犹太人在耶路撒冷居住。
此后的5个世纪中，该市一直在罗马帝国和拜占庭帝国的统治之下。4世纪，罗马帝国皇帝君士坦丁一世控制该市期间，耶路撒冷变成了一个基督教中心，建造了圣墓教堂。
当时，虽然仍然禁止犹太人居住耶路撒冷，但他们已经开始在每年的埃波月九日来到西墙前哭泣。在罗马帝国分裂后的拜占庭帝国统治下，这座城市在基督教势力中得到了很好的保护。当时在宗教方面相对宽容，从5世纪开始，犹太人重新被允许住在耶路撒冷。
当来自半岛的游牧民族崛起之后，阿拉伯帝国的第一个征服目标就是耶路撒冷。虽然《古兰经》中从未提到过耶路撒冷，但伊斯兰传统认为，先知穆罕默德是在耶路撒冷升天，接受《古兰经》的。
已经走向衰落的拜占庭帝国，没能挡住阿拉伯的铁骑弯刀，这座圣城最终沦于阿拉伯人的手中。
在历史上，关于耶路撒冷的争夺，从来都没有停止过，这座城市，也成为东西方碰撞的焦点。
历史上的公元1099年，第一次十字军东征，包围了耶路撒冷，一个多月后，耶路撒冷被十字军攻占，十字军进城后，屠杀了城内大多数穆斯林和犹太人。十字军在这里建立了耶路撒冷王国，穆斯林不准入城。
但是在公元1187年，埃及穆斯林君主萨拉丁又重新占领了耶路撒冷。1219年，大马士革的苏丹下令将城墙销毁，1228年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织了第六次十字军东征，通过与埃及签定条约，得到耶路撒冷。1239年，他开始重建城墙，但不久它们又被拆毁。1243年，基督徒再次占领耶路撒冷，又重建城墙。1244年，被蒙古亡国的花剌子模在逃亡途中占领耶路撒冷，教皇英诺森四世发动第七次十字军，但无法夺回耶路撒冷。1247年，花剌子模被埃及人驱