东南亚的华人问题既由来已久有又相当普遍，而其中拥有600万之众华人的印尼是华人问题最严重的国家。印尼的华人多灾多难，在1740年以来，华人就曾遭遇大屠杀，一百多年来，这种噩梦还云绕在印尼华人心头，他们能否摆脱恶梦仍是未知的答案。
华人向印尼移民的历史可追述到汉代，但是直到16世纪西方殖民者入侵之前没有形成所谓的华人问题。在这之前，原住民与华人相处融洽。从未发生过。其原因是，当时的华人虽然在情感上归属中国，但是其在印尼的经济地位不足以引起原住民的顾忌。另外，中华历史上封建王朝（至晚清政权前）都无华侨政策，甚或对海外华人采取敌视态度。
印尼华人问题便在晚清政权的以“血统主义”为原则的国籍法的颁布，这一对海外华侨政策由放任、敌视到保护的转变发生以后产生的。自此以后的中印（尼）关系可分为这样几个历史时期：晚清政府、民国政府不同时期又有不同的阶断。
晚清政府时期明清立国以来，为防海盗、倭寇，实行“海禁”政策，限制国人出洋谋生。政府长期都对海外的臣民漠不关心，甚至敌视态度。直到1860年清政府与英、法签订“北京条约”，被迫准许华工出国做工，禁令才被打破。
被带到世界各地的华工苦力惨遭非人待遇，拐匪掠贩人口出洋引起的对外纠纷和社会动荡。有损清廷颜面及其统治。另外，晚清政府派遣的外交官员与海外的华人有了接触，对华侨的富有有了极深印象，并认为可用于中国的现代化。基于此，清廷便逐渐转变过去漠视、敌视华工的态度。1893年在洋务派官员的推动下，正式废除了“海禁”令，此后又制定了不少涉侨政策。申明了对海外华人的保护态度。其中最为重要的是1909年颁布的以“血统主义”为原则的国籍法，规定凡是中华种族之人，不论是否出生于中华。都属于中华国籍。而印尼的殖民政府依据出身地原则确定国籍，这样使许多华人拥有双重国籍身份。这样的身份使以后原住民对华人对印尼的效忠产生怀疑，埋下了以后的排华、的祸根。
这一时期。印尼华人由于政策的松动使其原本就强烈的对祖籍国的归属感得到释放的空间。另外，华人在印尼被排斥于政治之外，受殖民统治者的压迫。此时中华也惨遭列强侵略。这些使得印尼华人把自身与祖籍国的前途命运联系在一起。在这种背景下，印尼华人对于洋务运动、推翻满清革命等中华民族自强图存的运动都积极支持。
这一时期印尼华人与祖籍国关系的升温，给其在印尼的处境带来怎样的影响呢？印尼当时处于荷兰殖民者的统治中，殖民统治者对华人和原住民实行“分而治之”的政策，将华人置于第一等级西方人和第三等级原住民之间的第二等级。将华人作为殖民统治的工具，造成了华人与原住民的巨大分歧，华人被原住民看作“殖民剥削制度的代理人”。这段时期发生、排华事件多是在殖民者的主导下。因此，后人分析时只看到“分而治之”殖民政策的原因。实际上。此时华人与祖籍国的